Tym razem ekipa Satoshiego będzie musiała zmierzyć się zarówno z tajemnicą legendarnego, nigdy wcześniej nie widzianego Pokémona Zygarde i fenomenem Satoshiego Gekkōgi jak również z nowymi przeciwnikami - Alanem i Team Flare. Lecz kiedy wszystkie tajemnice zostaną ujawnione, region Kalos stanie przed największym niebezpieczeństwem..